Doãn Kế Thiện làm quan mới 5 năm thì nhận chức lớn ở địa phương, 6 năm thì đứng đầu một tỉnh, khi ấy chỉ ngoài 30 tuổi; ông trị lý minh mẫn, gặp việc quanh co rối rắm, thì thông thả xử lý, không gì không thỏa đáng. Doãn Kế Thiện làm tổng đốc Vân, Quý 1 lần, Xuyên, Thiểm 3 lần, Lưỡng Giang 4 lần; ông ở Giang Nam trước sau hơn 30 năm, là tổng đốc ở khu vực này lâu nhất, ân đức đối với dân cũng là sâu nặng nhất. Trong các bề tôi, Ung Chính Đế hài lòng nhất là Lý Vệ, Ngạc Nhĩ Thái, Điền Văn Kính, từng khuyên Doãn Kế Thiện học tập họ, ông đáp: “Lý Vệ, thần học cái dũng, không học cái thô; Điền Văn Kính, thần học cái siêng, không học cái khắc (cay nghiệt); Ngạc Nhĩ Thái, nên học nhiều cái, nhưng thần không học cái bướng của ông ta.” Ung Chính Đế không cho lời ấy là ngỗ nghịch.[8]

Càn Long Đế từng nói: “Triều ta hơn trăm năm đến nay, người Mãn Châu đỗ đạt chỉ Ngạc Nhĩ Thái và Doãn Kế Thiện là kẻ thật sự có học thức.” Năm thứ 44 (1779), Càn Long Đế trước tác 23 bài Ngự chế hoài cựu thi, có đề cập đến Doãn Kế Thiện, như một trong những công thần của 2 đời hoàng đế Ung Chính – Càn Long.[8]

Sử cũ bình giá rằng: thời Càn Long bàn về người hiền làm quan địa phương, Doãn Kế Thiện và Trần Hoành Mưu là giỏi nhất. Doãn Kế Thiện khoan hòa mẫn đạt, làm việc nhàn nhã có thừa.[8]